临床医学、口腔医学、中医学、中医骨伤及针灸推拿专业毕业后可以考取医师资格证,其余专业考取医学技术等相关资格证书。
医学系重视学生综合素质培养,强化实践技能的训练,不断推进实验、实训及实习基地建设。建成现代医学影像技能实训中心和医师技能实训中心,其中医师技能实训中心为“四川省农村助理全科医生教学培训基地”和“雅安市临床技能考核培训基地”。组建东软医疗系统雅安职业技术学院医教研西部示范培训中心。建成40个校内专业实训室,100余个校外实习基地,充分满足本系各专业学生的实训要求。